Основан митрополитом Алексеем в 1365. Имел статус придворного монастыря. В 1744 в монастыре учреждена кафедра московского архиерея. В 1764 стал ставропигиальным, затем получил I класс, в 1775 к нему приписан Николо-Перервинский монастырь. После 1812 в монастыре находилась духовная консистория, епархиальное попечительство, духовный цензурный комитет. Находился в Москве в Кремле. Основная часть земельных владений и угодий размещалась в Московском у. Упразднен в 1918. Документы поступили в 1920-е.

Указы Синода и Московской духовной консистории 1762- 1918.

Книги: описные ризницы, утвари, икон, книг 1701, 1829 - 1914, в т. ч. раскольнических вещей, хранящихся в монастыре 1893; приходо-расходные - денег, в т. ч. приходные сумм за погребения и молебны 1820 - 1907, свечного и кружечного сборов 1890- 1908, средств от книжной торговли 1900 - 1908, расходные средств на строительно-ремонтные работы и содержание богаделен и учебных заведений 1835 - 1918, материалов 1835 - 1852; записные - лиц, проживающих в монастыре 1832 - 1917, входящих и исходящих документов 1858 - 1917, пожертвований 1861 - 1918, в т. ч. средств, присланных в помощь голодающим Индии 1896 - 1897, процентных бумаг 1893 - 1917, арендаторов 1899 - 1910; разносные 1859 - 1916.

Журналы: комитета по построению храма Александра Невского 1861 - 1914; монастырской школы для монахов и послушников 1905 - 1910; духовного собора 1914 - 1916.

Донесения и переписка настоятелей монастыря с Синодом, Московской духовной консисторией, Археологическим обществом, Продовольственным комитетом, полицией и др. учреждениями по финансовым и административно-хозяйственным вопросам 1740 - 1918.

Дела 1655, 1788 - 1918: об управлении и хозяйстве монастырских вотчин, в т. ч. тяжебные земельные дела с крестьянами д. Медвежьи Озера Богородицкого у. 1794 - 1910 о береговой земле при озерах и с. Черкизове 1911 - 1915, документы об отчуждении монастырской земли для сооружения Московской окружной железной дороги 1899 - 1903, расширения Чудовской улицы и прокладки Москворецкого водопровода 1901 - 1903, устройства Чудовского братского кладбища в с. Черкизове 1914; о сдаче в аренду и оброчное содержание земельных угодий, рыбных ловель на р. Клязьме, строений, в т. ч. ведомости об арендных платежах 1911 - 1915; о подворье в Хамовниках; о страховании монастырского имущества; об управлении Московской епархией, в т. ч. ведомости о состоянии недвижимого имущества лавр, архиерейских домов, монастырей и общин Московской епархии 1910 - 1912; о духовных учебных заведениях Московской епархии, в т. ч. о Московской духовной академии, Московской и Вифанской духовных семинариях, Донском, Звенигородском, Московском Перервинском духовных училищах, Мариинском женском училище, училище иконописания 1869- 1910; о Черкизовской монастырской богадельне, о благотворительной деятельности и пожертвовании в пользу Елизаветинского благотворительного общества, братств - Камчатского, Кирилла и Мефодия, Хоругвеносцев и др., Российского общества Красного Креста; о Чудовской певческой капелле; о состоянии монастырской библиотеки, в т. ч. каталог книг переданной в монастырь библиотеки Московской Перервинской семинарии 1788, документы о передаче рукописного собрания в Синодальную библиотеку 1899; о строительно-ремонтных и реставрационных работах, в т. ч. документы о реставрации икон в Архангельской церкви 1893, снятии копий с иконы Иверской богоматери 1893 - 1898, устройстве водопровода, электрического освещения, канализации, отопления 1894 - 1910; о приходе и расходе денежной казны, в т. ч. о финансовых операциях в Московской конторе Государственного банка 1893 - 1917; о личном составе монастыря, приеме, перемещении, отпуске монахов, выдаче им жалованья.

Личные материалы наместников монастыря, архимандритов Иоанникия 1-й пол. XIX в. и Арсения (письма, дневники и черновики произведений) 1909 - 1914.

Планы монастырских владений и строений в Хамовниках и с. Черкизове 1893 - 1914, в т. ч. генеральный план земельных владений 1910. Проекты устройства водопровода и канализации в монастыре и принадлежащих ему домах 1894 - 1910,