В 1621 г. учрежден архиерейский приказ, ведавший делами церковного управления и суда Тобольской епархии. В 1744 г. переименован в консисторию. Она ведала в пределах епархии личным составом духовенства, строительством, финансами, хозяйством церквей и монастырей, руководила миссионерской деятельностью среди местного коренного населения (татар, хантов, манси, ненцев и селькупов), чинила суд по делам о преступлениях и различных поступках служителей культа, а также местных жителей, совершавших проступки, подлежавшие церковному наказанию (епитимий), вела регистрацию актов гражданского состояния.

Упразднена в 1919 г.