Для объединения деятельности органов контрразведки, военно-контрольных отделений и пунктов на всей "освобожденной от большевиков" территории России, предписанием первого генерал-квартирмейстера штаба Верховного главнокомандующего N 201 от 10 ноября 1918 г. при управлении первого генерал-квартирмейстера штаба было создано контрразведывательное отделение, которое затем было переименовано в центральное отделение военного контроля при штабе Верховного главнокомандующего (приказы по отделению N 1,3 от 12, 29 ноября 1918 г.).

Приказом начальника штаба Верховного главнокомандующего N 100 от 1 февраля 1919 г. при штабе вместо отделения военного контроля был учрежден отдел контрразведки, при штабах Сибирской, Западной и Оренбургской армий и 2 Сибирского Степного отдельного корпуса - отделения контрразведки, при штабах корпусов, входивших в состав армии и в важнейших населенных пунктах театра военных действий - контрразведывательные пункты. Существовавшие контрразведывательные и военно-контрольные отделения при штабах армий и корпусов преобразовывались в соответствии с этим приказом. Все отделения и пункты военного контроля переименовывались в отделения и пункты контрразведки.

Начальники контрразведывательного отдела и отделений подчинялись соответствующим генерал-квартирмейстерам. Начальники корпусных и местных конрразведывательных пунктов подчинялись соответствующим начальникам контрразведывательных отделений.

Согласно утвержденному приказом начальника штаба Верховного главнокомандующего (N 340 от 18 апреля 1919 г.) временному положению о контрразведывательной и военно-контрольной службе на театре военных действий, задачей службы было обнаружение шпионов и лиц, "посягающих на ниспровержение существующего строя и нарушение общественного порядка". Руководство сухопутной контрразведывательной и военно-контрольной службой возлагалось на начальника отдела контрразведки и военного контроля штаба Верховного главнокомандующего, который подчинялся генерал-квартирмейстеру при Верховном главнокомандующем. Начальник контрразведывательного отделения штаба Верховного главнокомандующего подчинялся начальнику отдела контрразведки и военного контроля штаба Верховного главнокомандующего. Общее руководство контрразведывательной службой в районах корпуса, армии, военного округа осуществляли генерал-квартирмейстеры штабов армии, начальники военно-административных управлений районов армии и помощники начальников военных округов по военно-административному управлению на театре военных действий. Органами контрольно-разведывательной службы на театре военных действий были: отдел контрразведки и военного контроля; контрразведывательное отделение штаба Верховного главнокомандующего; контрразведывательные отделения штабов армий, корпусов и контрразведывательные пункты штабов дивизий. Органами военно-контрольной службы на театре военных действий являлись военно-контрольные отделения в районе армии при военно-административном управлении, военного округа на театре военных действий при помощнике начальника военного округа по военно-административному

управлению, местные военно-контрольные отделения и пункты в районе военного округа на театре военных действий.

Для достижения большей результативности в работе приказом начальника штаба Верховного главнокомандующего органы военного контроля были разделены на местные органы контрразведки при военно-административных управлениях районов армий и органы войсковой контрразведки, главная задача которых заключалась в выявлении шпионов и их организаций, агитаторов противника в рядах войск и борьба с антигосударственными элементами страны. Для объединения и общего руководства работой местных контрразведывательных отделений и пунктов при военно-административных управлениях районов армий, при главном начальнике военно-административных управлений армий Восточного фронта был сформирован местный контрразведывательный отдел (приказ N 997 от 2 сентября 1919 г.).

В управлении второго генерал-квартирмейстера при Верховном главнокомандующем отдел стал именоваться отделом контрразведки.

В результате проведенной в октябре 1919 г. реорганизации военного управления и сокращения штаба Верховного главнокомандующего, контрразведывательный отдел штаба Верховного главнокомандующего был передан в состав военно-административного управления штаба Восточного фронта.

Приказы административно-строевые по отделению и отделу контрразведки (нояб. 1918 - сент. 1919). Временные положения о министерстве охраны государственного порядка, о военной контрразведке во внутренних округах (июнь - дек. 1918).

Политические и агентурные сводки отдела контрразведки и военного контроля штаба Верховного главнокомандующего (май - окт. 1919); доклады начальников отделов контрразведки о деятельности органов контрразведки, настроении в войсках и среди населения, восстаниях против власти Колчака, о подпольных организациях, неблагонадежности отдельных лиц (нояб. 1918 - дек. 1919); отчеты о деятельности военного контроля армий (янв. - июль 1919); материалы о деятельности Украинской Рады (апр. - окт. 1919), американцев на Дальнем Востоке (март - окт. 1919).

Протоколы допросов и переписка о производстве дознаний и арестах военнопленных, обвиняемых в принадлежности к партии большевиков (нояб. 1917 - сент. 1919); судебно-следственные материалы по обвинению подозреваемых военнослужащих соединений и частей в антиправительственной агитации, шпионаже, распространении слухов, принадлежности к партии эсеров (дек. 1918 -нояб. 1919); рапорты начальников контрольных пунктов об арестах и заключении лиц, подозреваемых в антиправительственной агитации, протоколы их допросов, розыскные листы (нояб. 1918 - нояб. 1919).