Приказом РВСР No.104 от 4 июня 1919 г. 1 и 3-я Украинские армии объединялись в 12 армию с подчинением Западному фронту. На формирование штаба и управлений армии обращались управления ликвидированного этим же приказом Украинского фронта. Приказом войскам армии No.5 от 20 июня 1919 г. штабу армии подчинялась Днепровская военная флотилия, переданная в сентябре 1919 г. в подчинение коморси. Директивой Главкома No.3141/оп от 27 июня 1919 г. армия передавалась Южному фронту.

12 армия вместе с 14-й была включена в состав Украинской группы войск, созданной приказом войскам Южного фронта No.6247/оп от 28 июня 1919 г. и прекратившей свое существование в связи с передачей 12 армии по директиве Главкома No.30/ш от 26 июля 1919 г. в непосредственное подчинение Главкома. Директивой Главкома No.4184/оп от 6 сентября 1919 г. армия подчинялась Западному фронту, затем Южному (директива Главкома No.4928/оп от 16 октября 1919 г.). С переименованием Южного фронта в Юго-Западный (директива Главкома No.22/ш от 6 января 1920 г.) перешла в состав последнего.

Для обороны Одессы и Черноморского побережья от войск Петлюры и Деникина приказом войскам армии No.2105 от 18 августа 1919 г. была создана Южная группа войск в составе 45, 47 и 58 сд. Оказавшись после потери Одессы отрезанной от главных сил армии, группа из района

Ольвиополь, Балта, Бирзула, Каменка, Олыпанка, ст. Рыбница совершила отход по тылам противника протяженностью 400 км в направлении на Умань, после боя освободила Житомир (19 сент. 1919) и соединилась с главными силами армии. Приказом войскам армии No.29 от 3 октября 1919 г. группа расформирована.

С целью обеспечения наступления армии в направлении ж.д. Киев - Коростень приказом войскам армии No.43/оп от 31 мая 1920 г. была создана Ударная конная группа начальника 7 сд А. Г. Голикова в составе 7 сд, Башкирской кбр, 73 и 75 бригад 25 сд (до 10 июня), дивизиона Днепровской военной флотилии. С переходом армии в состав Западного фронта группа действовала в направлении на г. Холм. Приказом войскам армии No.69/оп от 26 августа 1920 г. расформирована.

В соответствии с директивами Главкома No.4774/оп 1052/ш от 13 августа 1920 г. и командования Юго-Западного фронта No.776/сек 4654/оп от 13 августа 1920 г. армия приказом войскам фронта No.1607 от 26 августа передавалась в оперативное подчинение Западного фронта. Постановлением РВСР от 21 сентября 1920 г. армия возвращалась в состав Юго-Западного фронта

В подчинении армии находились укрепрайоны Гомельский (сент. 1919 - март 1920) и Киевский (с 28 сент. 1920).

Директивой Главкома No.7092/оп 1649/ш от 5 декабря 1920 г. Управление армии было расформировано, войска передавались в подчинение Киевского военного округа.

Дислокация штаба: гг. Киев (июнь - авг. 1919, февр. -апр., июль - авг., сент. -дек. 1920), Новозыбков (сент. -дек. 1919), Нежин (дек. 1919 - февр., май 1920), Конотоп (май - июнь 1920), Ровно (авг. -сент. 1920).

 Войска армии вели бои на западном направлении против польских и петлюровских войск; на южном направлении действовали против войск Деникина на рубеже Херсон - Николаев - Одесса - Тирасполь - Каменец-Подольск - Волочиск - Луцк - Сарны (июнь 1919), несли оборону по обоим берегам Днепра (сент. -окт. 1919), вели боипо освобождению гг. Чернигов, Фастов, Бахмач, Нежин, Киев (нояб. -дек. 1919), по выходу на рубеж Винница - Белая Церковь - Знаменка - Пятихатка; участвовали в советско-польской войне: вели бои в районах гг. Мозырь, Овруч, Коростень, отошли из этих районов за Днепр, оставили. Киев (апр. -май 1920); участвовали в операциях Юго-Западного фронта: Киевской (26 мая-17 июня 1920) (форсирование р. Днепр, освобождение гг. Киев, Коростень, выход на ж.д. Киев - Коростень на участке Бородянка - Иргиа), Ровенской (28 июня - 11 июля 1920) (освобождение г. Сарны), во Львовской (23 июля-20 авг. 1920) (форсирование рр. Стырь, Стоход, овладение г. Ковель, продвижение на г. Холм), отошли под давлением польских войск за рр. Стырь, Горынь, на гг. Ковель, Олевск, Новоград-Волынск (авг. -окт. 1920); вели бои против формирований Петлюры и Булак-Балаховича (нояб. 1920).

Постановления, протоколы заседаний РВС армии (июнь 1919 - авг. 1920).

Приказы административно-строевые войскам и по штабу армии (июнь 1919 - дек. 1920), по политуправлению и политотделу (июль 1919 - авг. 1920), по управлениям инспекторов пехоты, кавалерии и артиллерии (авг. 1919 - дек. 1920), по военным сообщениям и управлению военных сообщений (май 1919 -

апр. 1920), по управлению связи, полевого управления авиации и воздухоплавания, по бронечастям и управлению бронечастей, по автомобильному управлению, начальников снабжений и санитарной части (1919 - 1920).

Оперативные директивы, приказы Главкома, командования фронтов, армии, групп войск, подчиненных соединений, соседних армий (май 1919 - дек. 1920).

Записи разговоров по прямому проводу командования армии с командованием фронтов, подчиненных войск, соседних армий по оперативным вопросам (1919 - 1920).

Оперативные сводки штабов фронтов, армии, групп войск, дивизий, Днепровской военной флотилии, Киевского боевого участка и губвоенкомата, соседних армий (1919 - 1920). Журналы боевых действий войск армии, артиллерийских частей и бронепоездов (1919 - 1920), переписка по оперативным вопросам. Карты и схемы расположения войск армии (1919 - 1920).

Обзоры военных действий 12 и 14 армий (1920).

Разведывательные сводки штабов фронтов, армии, групп войск, соединений, Днепровской военной флотилии, соседних армий; боевые расписания сил противника, сведения об укреплениях противника; опросные листы пленных и перебежчиков (1919 - 1920).

Доклады, политсводки политотделов армии, соединений, военкомов частей о партийно-политической и культурно-просветительной работе в войсках; опросные листы политработников, регистрационные карточки членов РКП(б) (1919 - 1920).

Сведения, переписка с местными органами власти и штабами фронтов о ходе мобилизации населения, о формировании и укомплектовании соединений и частей; сведения о боевом, штатном, списочном и наличном составе, дислокации войсковых частей, о потерях и трофеях (1919 - 1920). Доклады, рапорты, обзоры инспекторов пехоты, кавалерии, артиллерии о состоянии и результатах инспектирования войск (1919 - 1920).

Доклады, записи разговоров по прямому проводу начальника УПВОСО армии о состоянии, результатах обследования железных и водных путей сообщения, мостов через рр. Днепр, Десна, Припять, Ирша, о постройке и восстановлении мостов, грунтовых, шоссейных, железных дорог; сводки о ходе восстановительных работ; схемы и чертежи сухопутных и водных путей сообщения в полосе действий армии (1919 - 1920).

Доклады начальника инженеров армии, сведения о ходе работ по строительству и восстановлению инженерных сооружений, сметы на строительство, трудовые сводки и сведения о ходе строительных работ; проект, смета, доклад о ходе строительства оборонительных сооружений Гомельского укрепрайона (сент. 1919 - март 1920).

Записи разговоров по прямому проводу начальника связи армии об организации и работе связи (дек. 1919 - 1920), схемы организации связи армии.

Доклады, донесения о деятельности полевого управления авиации и авиачастей, о результатах инспектирования авиачастей (1919 - 1920); донесения о результатах разведывательных полетов и журнал вылетов летчиков-разведчиков (1920).

Доклады, записи разговоров по прямому проводу начальника бронечастей армии о состоянии и техническом оснащении частей (1919 - 1920).

Доклады начальника автоуправления о деятельности управления, о состоянии, эксплуатации и ремонте автотранспорта (1920).

Доклады, сведения, ведомости по артиллерийскому, инженерному и военно-хозяйственному снабжению войск армии (1919 - 1920).

Сведения о работе, состоянии и обеспечении санитарных учреждений, движении раненых и больных (1919 - 1920).

Переписка с РВСР, РВС Юго-Западного фронта о переговорах по заключению мирного договора с Польшей (1920), текст договора о перемирии, протоколы заседаний особой южной военной делегации РСФСР и представителей польского командования (17 - 24 окт. 1920).