В связи с введением новой системы военно-административного и полевого управления в Туркестане (приказ войскам Туркестанского фронта No.1144/581 от 18 сентября 1921 г.) для объединения руководства войсками, расположенными на территории Самаркандской, Амударьинской областей, Бухарской и Хорезмской республик, учреждались должность командующего войсками и Штаб войск Самаркандской области (на правах дивизии). Эти функции возлагались на начальника и Управление 1 Туркестанской сд.

С образованием Бухарской группы (приказ войскам фронта No.1503/оп 2356 от 3 апреля 1922 г.) в ее состав были переданы войска, расположенные на территории Бухарской республики, а войска, находящиеся в пределах Хорезмской республики, подчинялись командующему войсками Туркменской области.

По приказу войскам фронта No.948/389 от 12 июля 1922 г. 1 Туркестанская сд была переименована в 3 Туркестанскую сд с сохранением функций командования войсками Самаркандской области.

Приказом войскам фронта No.1436/575 от 12 октября 1922 г. 3 Туркестанская сд включалась в состав вновь формируемого 13 ск, Штаб войск Самаркандской области обращался на формирование РВС и штаба корпуса. Для управления войсками, оставшимися на территории области, был образован Самаркандский боевой район с подчинением корпусу (ликвидирован приказом войскам фронта No.253 от 21 июля 1924 г.).

 Войска области вели борьбу с басмаческими формированиями в Самаркандской и Амударьинской областях, на территории Бухарской и Хорезмской республик, несли охрану границы с Афганистаном, железных дорог и мостов.

Приказы административно-строевые войскам, по Штабу и политотдела Самаркандской области (сент. 1921 - окт. 1922).

Оперативные приказы командующих Туркестанским фронтом, войсками Самаркандской области, Хорезмской группой, командиров подчиненных соединений и частей (1921 - 1922).

Доклады, рапорты командующего войсками области и командиров частей о состоянии войск, о ходе борьбы с басмачами. Отчеты штаба фронта о проведении занятий по боевой подготовке с командным составом фронта (1922).

Записи разговоров по прямому проводу командующего войсками области со штабом фронта, командирами соединений и частей, переписка по оперативным вопросам (1921- окт. 1922).

Донесения, оперативные сводки штабов фронта, войск Самаркандской

области, Бухарской группы, соединений и частей, рапорты командиров частей о ходе борьбы с басмачеством (сент. 1921 - окт. 1922). Журналы боевых действий Штаба войск области (дек. 1921 - окт. 1922).

Разведывательные и агентурные сводки штабов фронта, войск Самаркандской, Туркменской и Ферганской областей, Хорезмской и Бухарской групп войск, военного назирата Бухарской республики, частей (апр. -нояб. 1922); боевое расписание сил противника; опросные листы пленных.

Протоколы совещаний городских комитетов РКП(б) и местных Советов Самаркандской области о мерах по борьбе с басмачеством, заседаний президиумов комячеек и партийных собраний частей, чрезвычайной тройки и комиссии по борьбе с басмачеством; регистрационные списки делегатов красноармейской областной конференции (1922).

Сведения о численном составе, переформировании, дислокации войск области (сент. 1921 - апр. 1922), донесения частей о трофеях.