Штаб командующего вооруженными силами Якутской губернии был образован приказом войскам 5 армии и Восточно-Сибирского военного округа N 1674 от 27 октября 1921 г. для руководства (на правах дивизии) войсками, участвовавшими в ликвидации якутского восстания. В марте 1922 г. получил наименование Штаба командующего всеми вооруженными силами Якутской губернии и Северного края, а в связи с образованием в июне 1922 г. Якутской АССР - Штаба войск Якутской АССР. 7 июня 1925 г. по распоряжению РВС Сибирского военного округа расформирован.

Штаб войск подчинялся командованию 5 армии и ВСВО (окт. 1921 - сент. 1922), ВСВО (сент. 1922 - янв. 1923), ЗапСибВО (янв. 1923 - июнь 1924), СибВО (июнь 1924 - июнь 1925).

 Войска участвовали в подавлении якутского восстания (1921 - 1923): вели бои против отрядов Временного Якутского областного народного управления по освобождению Якутска, с. Амга, Вилюйского и Олекминского округов, г. Верхоянска (1922); против отряда ген. Пепеляева у с. Апога, Нелькан, Аян.

Приказы командующего войсками Якутской губернии и Северного края (март - сент. 1922), войскам ЯАССР (дек. 1921 - июль 1923, нояб. 1924 - янв. 1925), по штабу, политсекретариату (март - окт. 1922), по Восточному боевому участку (июль - дек. 1922), по частям, в том числе по 1-му и 2 Северным отрядам (март - нояб. 1922), территориальному управлению ЯАССР (март - нояб. 1926).

Доклады о деятельности отделений штаба (апр. 1922 - янв. 1923).

Оперативные приказы командующего войсками Якутской губернии (янв. -март 1922). Доклады начальника штаба войск, сведения, переписка о ходе ликвидации восстания (март - нояб. 1922). Дневные записки 1 Северного отряда (янв. 1922).

Циркуляры, инструкции политсекретариата вооруженных сил ЯАССР (янв. 1922 - янв. 1923). Протоколы заседаний президиума Ревкома ЯАССР (апр. 1922 - янв. 1923, сент. - нояб. 1924), общих и партийных собраний частей (февр. - дек. 1922), совещаний ответственных политработников частей и губернских учреждений (март 1922-янв. 1923), губернских военно-политических совещаний (янв. - май 1922). Доклады, политсводки политуправлений 5 армии, СибВО, войск ЯАССР, военкомов частей о партполитработе в войсках (янв. 1922 - янв. 1923); отчет об организации школьного, клубного и библиотечного дела (сент. - дек. 1922); переписка о формировании и деятельности

политуправления войск (янв. - нояб. 1922). Воззвания к населению политуправления войск ЯАССР и командования противника (окт. - дек. 1922).

Протоколы заседаний комиссии по набору добровольцев в Якутской губернии, именные списки добровольцев (нояб. 1921 - февр. 1923), переписка о формировании партизанских отрядов, мобилизации бывших офицеров.

Сведения о штатном, списочном и наличном составе, состоянии учебно-боевой подготовки частей, обеспеченности их вооружением (март - июнь 1922), о потерях, в том числе в партизанских и добровольческих отрядах (март - дек. 1922).

Сведения о бывших офицерах в частях (сент. - нояб. 1922).

Именные списки награжденных, наградные листы (авг. 1922 - июнь 1923).