Открыта на основании указа Сената от 19 января 1797 г. для руководства и наблюдения за органами здравоохранения гражданского и военного ведомств. Находилась под управлением медицинской коллегии, а затем медицинского департамента Министерства внутренних дел. Ликвидирована в соответствии с указом Сената от 8 июня 1865 г. с передачей функций врачебному отделению Казанского губернского правления.

Циркуляры медицинского департамента Министерства внутренних дел; журналы заседаний управы; годовые отчеты управы; сведения о медицинском персонале; ведомости о появлении эпидемических заболеваний в Казанской губернии и борьбе с ними.