Образован решением Президиума городского Совета депутатов трудящихся от 16 октября 1939 года. Подчинен отделу здравоохранения Алтайского крайисполкома. Отдел осуществляет Контроль за деятельностью медицинских учреждений города. С 1992 года носит название "отдел здравоохранения администрации города. Действует по настоящее время.

Приказы и распоряжения Алтайского райздравотдела, протоколы оперативных совещании главных врачей города, протоколы заседаний и решения медицинского совета, протоколы акушеро-педиатрического совета по анализу причин детской смертности. Приказы заведующего отделом по основной деятельности, перспективные и годовые планы работы отдела, комплексные планы работы и годовые отчеты лечебно-профилактических учреждений города, доклады и справки о состоянии здравоохранения в городе, отчеты о состоянии профильных медицинских служб города, информации по оказанию шефской помощи сельскому населению, сведения о сети и штатах участковых служб города, бюллетени основных эпидемиологических показателей, документы по соцсоревнованию работников медицины, штатные расписания и сметы расходов, годовые бухгалтерские отчеты.